少林洪门武功的根源可追溯至隋末唐初，当时，少林寺的武僧们将唐高祖李渊所封的十三大将——“十三太保”和唐太宗李世民御封的少林寺十三位武僧——“少林十三太保”的精髓融合于自身的武学体系中，形成了独特而强大的“少林十三太保功”。随后，在太平天国时期，这一传统被洪世成带入江湖，他在外界学习并归隐12年后，将这套拳法带回乡间，并成为首位传承这一技艺给世人的宗师。随着时间的推移，各代掌门人如孙老常、何传福、张路子、马振峰和陈飞龙不断创新，使得少林洪门武功更加完善。

这一系统不仅注重内功与外形拳法相结合，更强调刚柔并济，以达到内壮才能外强。在拳械方面，它追求舒展大方且劲沉力猛；在技击领域，则注重攻防兼备，进退有方，同时巧妙地运用计谋打击对手。此外，少林洪门武功还包含诸多内容，如养生内功和内硬气功中的“少林十三太保”，以及童子功、三十六计巧打等多种擒拿术、反擒拿术，以及医理结合的小穴点正骨秘法等。