在清朝之前，玉门武道被称作玉家拳。它起源于明朝时期的广东梅岭一带，但随着部分玉氏家族成员迁移到广西，这门拳法也在那里有所传承。由于玉氏家族人数不多且力量薄弱，他们设定了严格的门规，不得将这门拳法传授给外姓人。到了清末年间，由于社会动荡，有名为“长毛”的武林高手避难于玉氏族中，并对他们进行了一定的武学指导。

清末年间，广西来宾市桥巩乡下马王村的人们非常重视武术，因此村里设立了一个武道场，由名叫玉恒宝先公的人主持。他不仅精通内丹之法，而且对武学、周易、医学、风水学、命理学、相术和占卜术等都有深厚的造诣。他通过学习与各路名士交流，集结了众多技艺，最终创出了系统而全面精深的玉门（氏）武道。

玉恒宝先公规定只有他的直系子孙才能继承这一武道，而每一代只能有一人完整地继承。这一传统一直延续至今。在他晚年，他选择了侄儿的儿子——玉光山作为第二代掌门人，而堂兄——玉光生则只得承传术数部分内容。

到了20世纪七八十年代，第三代掌门人——杨奇勇先生将祖传秘笈向社会公开，从此开始向外界系统地传授这一古老而神秘的 武艺。此前，该拳法一直是由少数专家保留和教授，是中国古代优秀文化遗产的一部分。