少林洪门武功源远流长，其根基可追溯至隋末唐初，当时，少林武僧们基于唐高祖李渊所封的十三大将——“十三太保”和唐太宗李世民对寺中武僧的御封——“少林十三太保”，从他们身上汲取精髓，不断创新、总结而成了一系列独特的武功，这便是著称的“少林十三太保功”。后来，在太平天国时期，洪世成（洪秀全之侄子，因其叔父兵败被迫出家）在寺内学艺12年后归隐尘世，他不仅传承了这套武技，还不断地进行创新的探索，最终形成一套独树一帜的拳法体系，并以此建立起了自己的门派，故名为“少林洪门武功”。随着时间的推移，该门派经过孙老常、何传福、张路子、马振峰以及陈飞龙等多代掌门人的精心培育与发展，最终形成了今天所见的一番模样。

该门派强调内外兼修，以刚柔相济为核心理念，将养生内功与实战技击并重。拳械方面，则注重舒展大方与劲沉力猛之间的平衡，同时也要求练者在攻防两端都有所准备，以巧打硬进和用计打击为目标。此外，“少林洪门武功”的内容还包括：养生内功和内硬气功中的少林十三太保功，以及童子军训练中的童子功；各种拳种，如十三太保拳和更具特色的小小道教拳风如虎拳、鹰爪拳及醉拳；棍棒武器如三节棍和梢子棍，以及刀枪器械如梅花刀、三节鞭等；还有飞针、飞镖等轻巧武器，再加上擒拿手法中的七十二式与反式，以及对打技击实战中的三十六计巧打点穴秘术。这些组成了一个完备且富有层次化结构的人体锻炼系统。