少林洪门武功源远流长，其根基可追溯至隋末唐初，当时，少林武僧们基于唐高祖李渊所封的十三大将——“十三太保”和唐太宗李世民对寺中武僧的御封——“少林十三太保”，不断探索、总结并创造出独特的武艺，这便是“少林十三太保功”。随着时间的推移，在太平天国年间，洪世成（洪秀全之侄子，因军败而出家）在寺中修行十二年后归隐俗界，他不仅成为首位将这门技艺传授给民间的人，也不断创新，最终形成了一派别致的风格，故名为“少林洪门武功”。此后，该拳种被第五代掌门人马振峰和第六代掌门人陈飞龙等人继续传承。

该体系强调内外兼修，以刚柔相济为核心理念。它主张只有内心充满力量才能展现于外部。拳法则注重舒展大方与劲沉力猛相结合，而技击则要求攻防一体，有进有退，同时也强调巧妙制胜和直取要害。此外， 少林洪门武功内容丰富多样包括：养生内功、内硬气功、童子功、各式拳法如十三太保拳及各种单打技巧，如醉拳、三节棍等械器技术，以及梅花刀、梢子棍等武器使用；此外，还包含了擒拿学、中医秘术以及实战演练等多方面内容，使其成为集兵刃与医术于一身的综合性 武学体系。