少林洪门武功源远流长，其根基可追溯至隋末唐初，当时，少林武僧们基于唐高祖李渊所封的十三大将——“十三太保”和唐太宗李世民对寺中武僧的御封——“少林十三太保”，精心研究、总结并创造出独特的武艺，这便是“少林十三太保功”。随着时间的推移，在太平天国年间，洪世成（洪秀全之侄子，因军败而出家）在寺中修行十二载后归俗，成为首位传承这门武技于世的人物。他的继承与创新最终塑造了一个独立派别，并被称为“少林洪门武功”。此后，该派别经过孙老常、何传福、张路子、马振峰以及陈飞龙等多代掌门人的传承。

该体系强调内外兼修，以刚柔相济为核心理念。在拳法方面，它倡导舒展大方与劲沉力猛相结合；在击打技巧上，则注重攻防一体，进退有方，同时具备巧打硬进和用计打击的能力。作为一种综合性的武术体系，它包括了养生内功与内硬气功（即少林十三太保功）、童子功、三十七式各类拳法如十三太保拳及各种单式双式拳法，以及多样化武器使用技术，如梅花刀、三节棍、梢子棍等。此外，还融合了擒拿学中的七十二种正反手法，以及对战技巧中的三十六计之妙用，并包含了一系列点穴与正骨秘术，是一项集医术于一身的完整系统。