在清朝之前，玉门武道被称作玉家拳。它起源于明朝时期的广东梅岭一带，但随着部分玉氏家族成员迁移到广西，这门拳法也在那里得到传承。由于玉家的力量薄弱，他们设定了严格的规矩，不允许外姓人学习这门技艺。在清末年间，一位名叫“长毛”的武林高手曾向玉氏族人传授一些技巧，这些技巧至今仍保留在族人的墓地中。

到了清末社会动荡的年代，广西来宾市桥巩乡下马王村的人们对武术非常重视。在这个村庄中，有一个著名的武道场，由一位名叫玉恒宝先公的人主持。他不仅精通内丹之法，还了解周易、医学、风水学、命理学等多种知识。这位祖师不仅深入学习了玉家武学，而且通过与其他武林高手交流，他集结了一身所学，并创造出了系统而全面精深的玉门（氏）武道。

据说，祖师悟出的这套教义分为两大部分：第一是佛和道结合起来的一种内炼方法和拳击体系；第二是关于风水、医药、命运判断和符咒等方面的技术。这套教义只限于传给自己的家族成员，而且每代只能有一个人完全继承下去。最终，祖师指定他的侄孙儿作为接班人，而堂兄则得以传承其中的一部分内容。

到了20世纪七十年代末到八十年代初期，第三代掌门人将这些秘籍之一致地教授给他的儿子以及其他几个人。而到了90年代后期，这位掌门人开始向社会公开分享一些这一流派中的技艺，从此之后，玉门（氏）武道才逐渐向外界开放。